Οι καθυστερήσεις που παρουσιάζονται στην σωλήνωση και που οφείλονται σε καθυστερήσεις διακλάδωσης ονομάζονται ποινές διακλάδωσης. Αυτές εξαρτώνται από τη δομή της σωλήνωσης, από το σχήμα πρόβλεψης και από τις στρατηγικές που χρησιμοποιούνται για τη διόρθωση της λάθος πρόβλεψης. Μάλιστα όσο πιο βαθιά είναι η σωλήνωση, τόσο χειρότερη είναι η ποινή διακλάδωσης σε κύκλους ρολογιού.